农业科学学院由原农学系、园艺系和食品科学系合并组建，其前身为1939年创建的国立西康技艺专科学校所设农学科，是西昌学院历史最为悠久的学院之一，有80年的办学历史。

　　1939年，天津北洋大学工学院内迁西昌，创建国立西康技艺专科学校，设立农学科（创办农学专业）；

　　1950年，国立西康技艺专科学校改名为西昌技艺专科学校，设农学科；

　　1953年，西昌技艺专科学校改名为西昌农业学校，设农学科；

　　1976年，西昌农业学校改名为西昌地区五·七农业大学，设农学科；

　　1978年，经国务院批准，西昌地区五·七农业大学改建成立西昌农业专科学校，设农学科；

　　1983年，西昌农业专科学校新设园艺科；

　　1985年，农学科和园艺科分别更名为农学系和园艺系；

　　1993年，西昌农业专科学校更名为西昌农业高等专科学校，设农业系和园艺系；

　　2002年，西昌农业高等专科学校新设食品科学系；

　　2003年5月8日，教育部批准西昌农业高等专科学校、西昌师范高等专科学校、凉山大学、凉山教育学院合并组建西昌学院，设有农学系、园艺系和食品科学系；

　　2010年，西昌学院院系调整；农学系和园艺系合并组建农业科学学院，开设有农学、园艺、烟草、土地资源管理、城乡规划、资源环境与城乡规划管理、园林技术等本（专）科专业；食品科学系与生化系组建轻化工程学院；

　　2017年，西昌学院学科专业调整；土地资源管理、城乡规划、资源环境与城乡规划管理等专业调出，食品质量与安全、食品科学与工程、农村区域发展、设施农业科学与工程、食品药品监督管理等专业并入农业科学学院。

　　2020年农业科学学院专业调整；现设有农学、园艺、烟草、风景园林、食品质量与安全、食品科学与工程、食品药品监督管理（专科）、园林技术（专科）等8个本（专）科专业。

　　2021年农业科学学院专业调整；风景园林专业调出，现设有农学、园艺、烟草、食品质量与安全、食品科学与工程5个本科专业。

　　       2024年农业科学学院专业调整；现设有农学、智慧农学、园艺、烟草、食品质量与安全、食品科学与工程6个本科专业。